Hambakivi eemaldamiseks teostatakse esmalt soodapesu mis puhastab hammastelt katu ning muudab hambakivi pehmemaks, et seda oleks hiljem kergem eemaldada. Pärast soodapesu eemaldatakse hammastelt ultraheli sagedusel võnkuva instrumendi ehk scaler’iga hambakivi. Kuna see toiming on suhteliselt ebamugav siis teostatakse seda sageli tuimastuse all. Keerulisematesse kohtadesse ladestunud hambakivi eemaldatakse hiljem veel ka mehhaaniliselt.

Lõpetuseks poleeritakse hambad spetsiaalse geeliga, et hambapind uuesti siledaks saada, vältimaks uue hambakatu kinnitumist hamba karedale pinnale.  Igemete mõningane veritsemine pärast hammaste sügavpuhastust on täiesti normaalne ning veritsus jääb paari-kolme päevaga järele.

Pärast hambakivi eemaldamist on soovitav vältida samal päeval värviliste toitude ja jookide, nagu punapeet või vein ja kohv, tarbimist. Loomulikult võiks võimalikult kaua vältida ka suitsetamist (vähemalt kaks tundi pärast puhastust). Lisaks võiks samal õhtul võtta kasutusele uue hambaharja, et vana harja küljes olevad bakterid ei satuks kohe suhu tagasi. Protseduurile lisab efektiivsust ka puhastuse järgselt läbiviidav suuveekuur.